Г.Г. Петц родился в Санкт-Петербурге в семье морского офицера, выходца из дворян Эстляндской губернии. Среднее образование получил в историко-филологической гимназии. Будучи учеником пятого класса, Петц был приглашен известным географом и путешественником П.П. Семеновым-Тян-Шанским в качестве домашнего учителя и репетитора своих детей - Андрея и Вениамина. Это знакомство определило дальнейшую деятельность Г.Г. фон Петца.
По окончании гимназии в 1886 г. Г.Г. Петц поступил на физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета по естественному разряду. В 1890 г. он окончил курс наук с дипломом 1-ой степени и был по предложению А.А. Иностранцева оставлен в университете при кафедре геологии для приготовления к профессорскому званию. В декабре 1891 г. Герман Германович был избран действительным членом Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей по отделению минералогия и геология, а в октябре 1892 г. был назначен хранителем Геологического кабинета университета. Эту должность он занимал до своей кончины.
В 1894 г. по инициативе А.А. ИНостранцева при Кабинете Ее Императорского Величества была основана Геологическая часть для геологической съемки Алтайского округа, личной собственности императора. А.А. Иностранцев, как заведующий этой частью, пригласил в 1895 г. фон Петца для совместной работы.
Герман Германович несколько полевых сезонов посвятил изучению геологии Алтайского округа. По материалам этих экспедиций он написал и в 1901 г. напечатал в "Трудах Геологической части Кабинета" работу "Материалы к познанию фауны девонских отложений окраин Кузнецкого угленосного бассейна", которая была защищена 16 декабря 1901 г. в качестве диссертации на ученую степень магистра минералогии и геогнозии. Официальными оппонентами были почетный профессор А.А. Иностранцев и приват-доцент Н.И. Каракаш. После защиты диссертации Герман Германович в качестве приват-доцента читал в университете лекции по палеонтологической стратиграфии. Затем он преподавал на Женских естественно-исторических курсах Лохвицкой-Скалон, на которых читал лекции по минералогии, динамической геологии, исторической геологии, вел спецкурс "тектоника". Кроме того, он читал лекции по исторической геологии и палеонтологии в женском Педагогическом институте.
Занимая должность консерватора Геологического кабинета университета, Герман Германович привел в порядок обширные коллекции девонской и каменноугольной систем, уточнил значительное число старых определений.
По своим научным интересам Г.Г. фон Петц был палеонтологом, ориентированным на изучение морской фауны девона и карбона. В магистерской диссертации, посвященной девонской фауне Кузнецкого угленосного бассейна, приведено монографическое описание кораллов, трилобитов, остракод, двустворок, головоногих, гастропод, брахиопод (всего описан 181 вид, из которых 27 - новые).
5 июля 1908 года, во время полевых работ на территории Алтайского округа, при переправе на лошадях через реку Каир-кум (ныне р. Банная), Г.Г. фон Петц трагически погиб. Рядом с местом его гибели был воздвигнут памятник - обелиск в виде пирамиды. Текст на памятной доске гласил: (в современной транскрипции): "Здесь покоится прах геолога Германа Германовича фон Петца, погибшего 5-го июля 1908 года при переправе через реку Банная во время научных изысканий". Летом 2008 года группа студентов и преподавателй Алтайского и Горно-Алтайского университетов провела реставрацию памятника.
В Палеонтологическом музее хранятся коллекции Г.Г. Петца к следующим работам:
Петц Г.Г. Материалы к изучению фауны малевко-мураевнинского яруса. СПб. 1893.
Коллекция № 80
Петц Г.Г. Материалы к познанию девонских отложений окраин Кузнецкого угленосного бассейна. СПб. 1901 (pdf)
Коллекция № 81
Петц Г.Г. О некоторых новых представителях нижнедевонской фауны Северо-Заозерской дачи в Северном Урале. СПб. 1903 (pdf)
Коллекция № 79
